2020年5月19日，厦门港航综合行政执法支队出具《行政处罚决定书》（闵厦港交执[2020]罚字第8号），载明漳州能源在建设3,000吨级重件码头及配套工程时未按照国家规定向交通运输主管部门或其委托的建设工程质量监督机构提交材料、办理工程质量监督手续，违反了《公路水运工程质量监督管理规定》第二十二条第二款的规定，根据《公路水运工程质量监督管理规定》第四十五条第一项，处以人民币20万元的罚款；厦门港航综合行政执法支队同日出具《行政处罚告知书》（闵厦港交执[2020]告字第008号），责令漳州能源限期十五天内整改完毕、补充提交工程质量监督申请。漳州能源已于2020年6月2日缴纳上述罚款，并已向厦门港航综合行政执法支队提交办理工程质量监督手续的申请材料《水运工程质量监督申请书》。

2019年10月21日，福清市自然资源和规划局出具《自然资源行政处罚决定书》（融自然行罚[2019]第147号），载明福清核电于2010年未经批准，擅自占用土地进行建设，占地面积为7,691平方米，违反了《中华人民共和国土地管理法》第二条第三款、第四十三条第一款的规定，依据《中华人民共和国土地管理法》第七十六条第一款、《土地管理法实施条例》第四十二条的规定，责令福清核电退还非法占用土地7,691平方米，没收在非法占用土地上新建的建筑物和其他设施，并处15元每平方米的罚款，共计115,365元。福清核电已于2019年11月7日缴纳上述罚款。